Вы можете установить y_axis и x_axis, используя
$config['x_axis'] = '100';
$config['y_axis'] = '40';
$this->image_lib->initialize($config);
$this->image_lib->crop();
, но обрезка довольно сложна без визуального интерфейса.
Я думаю, что использование оси X / Y '0' обрезает снизу, но это не проверено.