Будет работать либо virtualenv, либо zc.buildout. Virtualenv легче изучать и использовать; buildout более мощный. Я лично использую buildout для разработки / развертывания разрабатываемых мной пакетов и virtualenv для развертывания сторонних приложений (таких как Trac).
Отказ от ответственности: я никогда не пытался использовать ни в Windows, ни в Python 3. Я вижу, что есть версия virtualenv, которая работает в Python 3, и есть ветка zc.buildout, которая пытается добавить поддержку Python 3 (но, похоже, заброшенный).