HSQLD в основном используется в качестве базы данных памяти.Вы можете изменить свои таблицы на постоянные таблицы.Это задокументировано здесь .
Другой вариант, который я предпочитаю, это использовать другую базу данных, такую как MySql, которая по умолчанию сохраняет таблицы на диск.