Если вы используете встроенный Rhino, я бы использовал отладчик, поставляемый с оболочкой Rhino, в папке инструментов.
Проверьте исходный код и найдите файл main.java в инструменте отладчика.Используйте его в качестве шаблона для создания своего кода для запуска отладчика в своем коде javascript.
Что касается использования Eclipse для отладки встроенного приложения Rhino, я слышал, что люди делают это, но не думаю, чтостоить того.