Интерпретаторы perl, php и python с удовольствием выполнят переданные им входные файлы, независимо от того, включен бит разрешения на выполнение для их входных файлов или нет.(С другой стороны, если в файле есть строка shebang, указывающая, какой интерпретатор использовать, разрешение на выполнение будет соблюдаться. Но, вероятно, это не относится к вашей ситуации.)
Вам придется обратитьсяЭта проблема заключается в настройке вашего веб-сервера (ограничивая каталоги, которые он считает исполняемыми), а не на уровне файловой системы.
Если вы используете Apache, вы, вероятно, захотите взглянуть на директиву ScriptAlias, либов глобальной конфигурации или локальных файлах .htaccess , как описано здесь .