Существует универсальная двоичная (и компактная) нотация, называемая ASN.1.Он широко используется, и о нем есть книги.ASN.1 можно сравнить с XML, но на более низком (более примитивном, но более гибком) уровне, чем XML.И XML, особенно бинарный XML, упомянутый выше, также будет вам очень полезен.Кроме того, если в вашем файле содержится более одной последовательности данных, посмотрите Solid File System как контейнер для нескольких потоков данных в одном файле.