Результат тот же, но более новый синтаксис $ () гораздо понятнее и проще для чтения. По крайней мере, вдвойне, когда пытаешься гнездиться. Со старым синтаксисом вложение нелегко, но с новым он отлично работает.
Сравнить:
$ echo $(ls $(pwd))
против
$ echo `ls \`pwd\``
Вам нужно избегать встроенных обратных символов, так что гораздо сложнее как печатать, так и читать.
Согласно этой странице есть, по крайней мере, одно незначительное различие в том, как они обрабатывают встроенные двойные обратные слеши.