Чтобы сделать так, как вы хотите, и вы можете перевернуть значения:
>>> z = [[k, l] for l in x for k in y]
>>> z
[[1, 'a'], [2, 'a'], [3, 'a'], [1, 'b'], [2, 'b'], [3, 'b'], [1, 'c'], [2, 'c'], [3, 'c']]
>>> z.sort()
>>> z
[[1, 'a'], [1, 'b'], [1, 'c'], [2, 'a'], [2, 'b'], [2, 'c'], [3, 'a'], [3, 'b'], [3, 'c']]
>>> T = [[x[1], x[0]] for x in z]
>>> T
[['a', 1], ['b', 1], ['c', 1], ['a', 2], ['b', 2], ['c', 2], ['a', 3], ['b', 3], ['c', 3]]