LINQ имеет «Contains», которое похоже на «IN», но выражается наоборот: элемент не находится «в» наборе, набор «содержит» элемент.
int[] validIds = { 1, 4, 5 };
var query = from order in db.Orders
where validIds.Contains(order.Id)
select order
Это проще выразить (IMO) с помощью лямбды:
int[] validIds = { 1, 4, 5 };
var query = db.Orders.Where(order => validIds.Contains(order.Id));
Я понимаю, что лямбды "новы" и поэтому в какой-то степени пугающие, но действительно стоит захватить их обеими руками. Они прекрасны.