Второй вариант верен:
?array[]=hello&array[]=good&array[]=bye
(но не могли бы вы просто попытаться узнать?!)
В PHP нет правильного способа получить несколько значений, таких как
?array=hello&array=good&array=bye
кроме анализа строки запроса самостоятельно. (AFAIK)