Я обычно делаю это:
1.- создать мои классы сущностей в / system / application / classes
class MyEntity {
}
2.- определить константу для указания на эту папку в /system/application/config/constants.php
define('CLASSES_DIR', APPPATH . "classes/");
3.- включают классы сущностей из моделей:
require_once(CLASSES_DIR . "MyEntity.php");
class MyModel extends Model {
function test() {
$entity = new MyEntity();
$entity->doSomeStuff();
}
}
Это не нарушит вашу структуру mvc и сохранит разделенные классы сущностей. Надеюсь, это поможет!