Несколько решений, например с EXISTS:
SELECT COUNT(A.SKU) AS your_count
FROM TableA
WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
FROM TableB
WHERE B.SKU = A.SKU);
Вы также можете использовать EXCEPT:
SELECT COUNT(*)
FROM (
SELECT SKU
FROM TableA
EXCEPT
SELECT SKU
FROM TableB);
Вы также можете использовать NOT IN, LEFT OUTER JOIN ... WHERE B.SKU ЕСТЬ НУЛЬ и т. Д.