Если вы умеете писать что-то очень быстро.
$products = Mage::getModel('catalog/product')
->getCollection()
->addAttributeToFilter('is_in_stock', 0)
->addAttributeToFilter('qty', array("gt" => 0));
К сожалению, я не могу вспомнить, как поставить> 0 так, как это должно работать.Может быть, кто-то может прокомментировать это.
Что вы можете сделать с $ products, это запустить его через цикл foreach, а затем установить для is_in_stock значение 1, и вы должны быть в бизнесе.