Журнал Apache сообщит вам, какие URL-адреса были доступны, а также другую полезную информацию, такую как время ответа на каждый запрос.
Если вы обеспокоены тем, что некоторые страницы работают медленно, используйте инструмент анализа журналов Apache, чтобы отфильтровать попадания по времени отклика. Это должно дать вам достаточно четкое представление о том, какие страницы вызывают у вас проблемы. Для анализа журналов Apache доступно любое количество инструментов, от веб-инструментов аналитики, предназначенных для отслеживания демографии посетителей, до более технических инструментов анализа. Я не могу рекомендовать никого конкретно, поэтому я просто предлагаю использовать Google для этого. Вы получите много результатов.
Как только вы знаете, какие страницы нужно исследовать, вам следует попробовать профилировать эти страницы, чтобы увидеть, какие функции являются причиной узкого места. XDebug является де-факто инструментом для этого с PHP. (Это полноценный PHP-отладчик с возможностью поэтапного выполнения кода и интеграцией в большинство популярных IDE.