У меня была похожая проблема: всякий раз, когда java-программа заканчивала работу, она переключалась на перспективу PHP, даже если она была закрыта.
Это было вызвано моей конфигурацией отладки для PHP. Перейти к PHP-> Выполнить / Отладка-> Параметры рабочего пространства. Я выбрал «Всегда» в разделе «Вернитесь в перспективу PHP после завершения отладки». Очевидно, что PDT недостаточно умен, чтобы различать разные виды запусков, и предполагает, что все запуски выполняются на PHP.