Я не скажу вам, как решить вашу проблему, но я расскажу вам о своем опыте разработки приложения Flex. (Мы разрабатываем огромные приложения Flex для банков.)
В самом начале мы также пытались принять maven для всего (maven действительно отличный инструмент). Мы пробовали flex-mojos и другие плагины, но у каждого из них были проблемы, которые мы не могли преодолеть.
Итак, теперь наша лучшая практика такова:
Мы используем maven для следующих задач: извлечение зависимостей, установка артефактов в локальное хранилище и развертывание в удаленном хранилище, но для всех других задач я использую ant. Наши скрипты работают на Mac и Windows. Они потребляют намного меньше памяти, чем, например, flex-mojos (это важно, когда вы хотите скомпилировать много модулей). Они полностью поддерживают CI-серверы, и пока это кажется наилучшим решением.
Итак, чтобы сэкономить ваше время - попробуйте использовать ant вместо maven для компиляции и тестирования. (Flex SDK поставляется с Ant-задачами, которые вы можете использовать).
Всего наилучшего с Flex, Maven и Ant!