У меня была похожая проблема, и моя проблема заключается в том, что процесс сохранения рабочей области пытается записать в один из файлов, а он даже не может быть доступен в каталоге .metadata.
Вот как я это сделал:
Откройте каталог .metadata и найдите этот конкретный файл, ваш может быть другим, поэтому измените его на чтение и запись для этого файла, а затем перезапустите eclipse.
Это устранило проблему!.
Моя ОС: Ubuntu 10.04, Eclipse SDK 3.5.2
Надеюсь, эта помощь ...