Это можно сделать только в том случае, если в папке / bin содержатся ваши файлы или для настроек WSP (WebSite Project) вы можете использовать папку app_code для хранения элементов.
Редактировать
Судя по звукам вещей, у вас рут не помечен как приложение, а есть настоящая подпапка. Я бы позаботился о том, чтобы в IIS у вас была корневая установка как приложение, а не ваша подпапка, что могло бы вызвать серьезную путаницу.