График множественных результатов вменения - PullRequest
Новая
       5

График множественных результатов вменения

4 голосов
/ 27 августа 2010

Я успешно завершил многократное вменение недостающих данных моего исследования анкеты с использованием пакета MICE в R и выполнил линейную регрессию для объединенных вмененных переменных.Я не могу понять, как извлечь отдельные объединенные переменные и построить график.Любые идеи?

например, 

>imp <- mice(questionnaire) 
>fit <- with(imp, lm(APE~TMAS+APB+APA+FOAP))  
>summary(pool(fit))

Я хочу построить объединенную APE по TMAS.

Воспроизводимый пример с использованием nhanes: 

> library(mice)
> nhanes
> imp <-mice(nhanes)
> fit <-with(imp, lm(bmi~chl+hyp))
> fit
> summary(pool(fit))

Я бы хотел построить пул chl против пула bmi (например).

Лучшее, чего я смог достичь, это 

> mat <-complete(imp, "long")
> plot(mat$chl~mat$bmi)

Что, я считаю, дает комбинированный сюжетвсе 5 вменений и это не совсем то, что я ищу (я думаю).

1 Ответ

9 голосов
/ 27 августа 2010

базовая функция with.mids () позволяет выполнять регрессию на каждом вменяемом кадре данных. Так что произошла не одна регрессия, а 5 регрессий. pool () просто усредняет оценочные коэффициенты и корректирует отклонения для статистического вывода в соответствии с величиной вменения.

Таким образом, нет ни одной объединенной переменной для построения графика. Что вы могли бы сделать, так это усреднить 5 вмененных множеств и воссоздать некую «линию регрессии» на основе объединенных коэффициентов, например: 

# Averaged imputed data
combchl <- tapply(mat$chl,mat$.id,mean)
combbmi <- tapply(mat$bmi,mat$.id,mean)
combhyp <- tapply(mat$hyp,mat$.id,mean)

# coefficients
coefs <- pool(fit)$qbar

# regression results
x <- data.frame(
        int = rep(1,25),
        chl = seq(min(combchl),max(combchl),length.out=25),
        hyp = seq(min(combhyp),max(combhyp),length.out=25)
      )

y <- as.matrix(x) %*%coefs


# a plot
plot(combbmi~combchl)
lines(x$chl,y,col="red")
...