Вы можете обнаружить, что мышь не движется, потому что вы не получаете события движения :-). Просто используйте это.
Вы можете, например, установить таймер, который сбрасывается при каждом срабатывании события движения. Если таймер истекает без события движения (например, через 1 с), вы можете запустить анимацию, пока не произойдет событие движения.
Насколько я знаю, вы можете получать события движения, только когда ваше приложение сфокусировано. Я полагаю, что это сделано специально, и я не знаю, можете ли вы получать события движения без фокуса (это можно было бы считать уязвимостью безопасности, поскольку вы могли бы следить за тем, что делает пользователь).