Я предполагаю, что эти ресурсы для брендинга находятся не в проекте установки, а в основном проекте, и этот основной проект - C ++.
В C ++ в проекте может быть несколько файлов .rc.Это, скорее всего, верно и для ресурсов C #.Переместить весь материал для брендинга во второй файл ресурсов.Создайте еще один неглубокий проект, который ссылается на все файлы (включая .rc) из оригинала, но использует собственные версии файлов брендинга.Помимо строк, значков и изображений, возможно, у вас будут скопированы и закодированы некоторые диалоги.Убедитесь, что все они имеют идентификаторы ресурсов в синхронизации.
Создать другой проект можно, просто скопировав исходный проект и поиграв с путями в текстовом редакторе.Просто убедитесь, что вы изменили GUID проекта, чтобы два проекта могли сосуществовать в одном решении.