Используйте конструкцию что-то вроде:
CONFIG += 32bit
CONFIG(32bit) {
TARGET = 32bit_binary
QMAKE_CXXFLAGS += -m32
LIBS += -L<path to 32bit libraries>
}
CONFIG(64bit) {
TARGET = 64bit_binary
}
в вашем .pro файле. Тогда вам нужно всего лишь изменить одну строку, чтобы перекомпилировать для другой архитектуры.