Кто бы ни сказал вам, что ILMerge был решением, очевидно, ничего не знает о разработке CF или файлах CAB. Это не принесет вам пользы, поэтому не тратьте время на изучение этого вопроса.
Microsoft опубликовала статью MSDN, которая описывает установку нескольких CAB , что было бы очень хорошим первым началом. ПОСМОТРИТЕ эту запись в блоге о том, как ее изменить.
Что касается предотвращения подтверждений, wcelaod.exe (приложение, распаковывающее CAB на устройстве) имеет параметры командной строки для их предотвращения.
EDIT
Образец исходного кода для многозадачной установки поставляется с WinMo SDK. Например, если вы установили WInMo 6.0 SDK в папку по умолчанию, источник будет C:\Program Files (x86)\Windows Mobile 6 SDK\Samples\Common\CPP\Win32\multicabinstall