Команда такая:
mysqlcheck -u root -p --auto-repair --check --all-databases
Вы должны указать пароль при запросе,
или вы можете запустить этот, но это не рекомендуется, потому что пароль написан в виде открытого текста:
mysqlcheck -u root --password=THEPASSWORD --auto-repair --check --all-databases