На мой взгляд, инструмент Bsdiff - лучший выбор для бинарных файлов.Он использует сортировку суффиксов (qsufsort Ларссона и Садакане) и использует преимущества изменения исполняемых файлов.Bsdiff был написан на C ++ Колином Персивалем.Файлы Diff, созданные в Bsdiff, обычно меньше, чем файлы, созданные в Xdelta.
Стоит также отметить, что Bsdiff использует алгоритм сжатия bzip2.Двоичные патчи, созданные Bsdiff, иногда могут быть дополнительно сжаты с использованием других алгоритмов сжатия (например, архиватора WinRAR).
Здесь вы можете найти документацию по Bsdiff и скачать Bsdiff бесплатно: