Используйте перегрузку XmlDocument.CreateElement , которая позволяет указать требуемый префикс и пространство имен элемента, например,
document.CreateElement("x", "ExcelWorkbook", "urn:schemas-microsoft-com:office:excel");
Пример
Из вашего комментария я думаю, что вы пошли дальше и создали каждый элемент в соответствии с предложенным мною способом. Я имел в виду, как получить определенные элементы Excel, чтобы иметь правильный префикс пространства имен. Смотрите мой пример ниже, чтобы увидеть, как правильно связать каждый из ваших элементов с правильным префиксом пространства имен:
// store ns in a local variable as it is going to be re-used
const string HTML_NS = "http://www.w3.org/TR/REC-html40";
const string EXCEL_NS = "urn:schemas-microsoft-com:office:excel";
XmlDocument doc = new XmlDocument();
// create the HTML element and set the HTML namespace as the default
XmlElement htmlElement = doc.CreateElement("html", HTML_NS);
// add the office/excel namespaces into the HTML element (so we can reference them later)
htmlElement.SetAttribute("xmlns:o", "urn:schemas-microsoft-com:office:office");
htmlElement.SetAttribute("xmlns:x", EXCEL_NS);
doc.AppendChild(htmlElement);
// associate the HEAD element with the HTML namespace as this is a HTML element
XmlElement headElement = doc.CreateElement("head", HTML_NS);
htmlElement.AppendChild(headElement);
// now this is the one I am not too sure about as I don't know which
// namespace you would associate the XML tag with. If you run the code
// as it is specified here it will write out as <xml xmlns=""> which is
// correct as we aren't associating it with a namespace. As a workaround
// you could associate it with the HTML NS if it is just for writing out
XmlElement xmlElement = doc.CreateElement("xml", HTML_NS);
headElement.AppendChild(xmlElement);
// create ExcelWorkbook element and associate with the excel namespace
// Unlike the HTML/HEAD tags we need to supply the prefix here because the Excel
// namespace is not the default
XmlElement xlWorkbookElement = doc.CreateElement("x", "ExcelWorkbook", EXCEL_NS);
xmlElement.AppendChild(xlWorkbookElement);
// create ExcelWorksheets element and associate with the excel namespace
XmlElement xlWorksheetsElement = doc.CreateElement("x", "ExcelWorksheets", EXCEL_NS);
xlWorkbookElement.AppendChild(xlWorksheetsElement);
// create the ExcelWorksheet element and associate with the excel namespace
XmlElement xlWorksheetElement = doc.CreateElement("x", "ExcelWorksheet", EXCEL_NS);
xlWorksheetsElement.AppendChild(xlWorksheetElement);
Надеюсь, что прояснит для вас.