Основным отличием, конечно же, является полная поддержка коммерческого развертывания. Использование продукта в коммерческой среде без поддержки часто не очень хорошая идея. Правда в том, что у GlassFish с открытым исходным кодом есть достаточно сообщества для поддержки, так что решение действительно остается за вами. Насколько вы чувствуете себя комфортно, поддерживая сервер, не имея возможности звонить кому-то, если что-то идет не так?