Вот пример
bottomMsg = (TextView) findViewById(R.id.bottom_msg);
int start = bottomMsg.getText().toString().indexOf(terms);
MovementMethod movementMethod = LinkMovementMethod.getInstance();
bottomMsg.setMovementMethod(movementMethod);
Spannable text = (Spannable) bottomMsg.getText();
//TermAndConditions is a clickableSpan.
text.setSpan(new TermAndConditions(), start, start + terms.length(), Spannable.SPAN_POINT_MARK);
text.setSpan(new ForegroundColorSpan(getResources().getColor(R.color.customYellowColor)), start, start + terms.length(), 0);
Дело в том, что цветовой интервал находится после кликабельного интервала.в противном случае цвет не изменился.