Castle не выполняет загрузку сборок сам по себе, он просто полагается на fusion, чтобы найти сборку, основываясь на ее поведении при проверке по умолчанию - так что это более общий вопрос .Net Framework.
Один из способов сделать то, что вы хотите, - это обработать ошибку разрешения сборки и направить среду выполнения туда, где может быть сборка - один из способов добиться этого - переопределить разрешение сборки (подробнее см. msdn ). ), а затем напишите некоторый код, чтобы найти и загрузить соответствующую сборку из правильного расположения.
Это, очевидно, позволит вам поддерживать любую схему каталогов, а не только двоичный подкаталог (так что вы можете, например, иметь отдельный каталог для плагинов).