Если вам нужно строгое поведение CPython и вы не хотите менять программу на Python, я боюсь, что в этом случае вы должны запустить отдельный процесс CPython и взаимодействовать с ним через какой-либо протокол RPC (есть из чего выбирать) через канал или сеть подключение к localhost.
В качестве альтернативы "сериализованному" RPC вы можете использовать возможности системы, например, COM, если вы работаете в Windows или D-Bus в Linux - но это сделает платформу зависимой и необязательно более простой.