Если я правильно помню, web.config является иерархическим.то есть, если у вас есть каталог с web.config и каталогами более низкого уровня с собственным web.config, и когда вы перемещаетесь между этими каталогами, настройки в web.config накладываются. При этом я забыл правила взаимодействия для такихнастройка.
Простое, более управляемое решение может состоять в том, чтобы иметь свои собственные разделы, которые вы можете подключить к web.config, и иметь свой собственный XML-файл конфигурации, на который вы можете ссылаться из web.config.Его достаточно просто построить, и вы можете управлять тем, как работают ваши иерархии.