Мы решили проблему. Это был один рабочий процесс, который застрял в бесконечном цикле из-за плохого дизайна и случайного неверного ввода. Он генерировал огромное количество строк в таблицах EventCache и ScheduledWorkItems в базе данных WSS_Content. Таким образом, WSSTimer с SQLServer поглощал все ресурсы, пытаясь прочитать огромное количество данных. Проблему было очень трудно локализовать на самой Sharepoint, у нее нет средств для диагностики отдельных экземпляров рабочего процесса. Мы выяснили проблему только после профилирования самой базы данных.