Напишите собственную библиотеку, которую вы можете автоматически загружать в своем приложении для запуска кода при каждом просмотре страницы. Он должен иметь функции, которые:
- Аутентифицировать пользователя т.е. проверить, вошел ли пользователь в систему или нет
- Войти в систему т.е. установить переменную сеанса или что-то
- Выйти из системы
Затем в ваших классах контроллеров вы можете вызвать функцию аутентификации в конструкторе, затем в зависимости от результата продолжить как обычно или перенаправить их на экран входа в систему с сообщением об отказе в доступе.
Выполните поиск в вики воспламенителя кода для «аутентификации», и есть ряд результатов, которые могут помочь: http://codeigniter.com/wiki/