MVC - все о разделении проблем - но имеет дело со спецификой в том, что представление слабо связано с моделью и контроллером; с 3-уровневым это явно не требуется.
Да - вы можете (и должны) иметь все три уровня слабосвязанными, но для 3-го уровня это явно не требуется; с MVC это так.
В качестве отступления: MVC - это конкретный шаблон, который рассматривает конкретную проблему, я был бы осторожен, называя его "архитектурой".
Преимущество реализации Microsoft ASP.NET MVC от Microsoft состоит в том, что она предлагает различные точки интеграции и гибкость, которые не так легко доступны со «стандартным» ASP.NET - который, я думаю, вы могли бы сказать, что традиционно использовался / использовался при сборке сети 3-х системная система в пространстве MS.