Обычно сервер j2ee работает в фоновом режиме, даже если подключение к Интернету не требуется.
При этом Adobe AIR имеет полный доступ к выполнению удаленных программ.Это позволило бы приложению Adobe AIR вызывать приложение Java вне любого экземпляра сервера.
Я думаю, что самым простым подходом по-прежнему было бы внедрение какого-либо сервера приложений.