Как загрузить и вызвать скомпилированные классы Java изнутри C?
См. Вызов метода Java из собственного кода
Вам нужно использовать JNI.Есть много хороших ссылок и учебных пособий (включая два приведенных выше).
http://www.codeproject.com/KB/cpp/CJniJava.aspx