Да, это возможно. Любой наполовину приличный обфускатор позволит вам выбрать, какие части вашего приложения будут запутаны. Конечно, подробности того, как вы это сделаете, будут зависеть от используемого вами обфускатора.
Применяются стандартные предостережения относительно запутывания: никакая схема запутывания не защитит ваш IP от кого-то, у кого есть мотивация и немного хакерских навыков.