Я предполагаю, что вы имеете в виду файлы, хранящиеся на SD-карте, поскольку файлы, хранящиеся во внутренней файловой системе, защищены по умолчанию.
Единственный способ защитить ваши данные от других приложений - это использовать какое-либо шифрование.
Android присваивает каждому приложению свой собственный идентификатор пользователя, а затем стандартные права доступа к файловой системе Linux обеспечивают защиту данных, хранящихся во внутренней файловой системе. Вам не нужно ничего делать, чтобы воспользоваться этой функцией, поскольку она является центральной для всей модели безопасности в Android.
Но для внешнего хранилища, такого как SD-карта, Android использует файловую систему FAT, чтобы карты были совместимы с Windows. Это хорошая мысль, но поскольку в файловой системе FAT отсутствуют какие-либо функции прав доступа, все, что хранится на SD-карте, доступно для всех приложений. (Приложение, которому необходим доступ к SD-карте, должно запросить разрешение на это.)
(Это огромная проблема целостности с Android. Чувствительная информация не должна храниться на SD-карте, однако все сделанные фотографии хранятся там. Приложение с доступом к SD-карте и Интернету может легко загрузить все ваши фотографии на сервер где-то без вашего ведома.)