Возможно.
Это одна из причин того, что MS представила идею сборки Side by Side. Ваш код определяет его предпочтения, и ОС может предлагать сборки, которые в настоящее время доступны. Если есть совпадение, ваш код запускается. Если нет, не повезло.
Вы должны следовать всем обычным рекомендациям для манифестов приложения и, возможно, в любом случае сделать установку библиотеки времени выполнения доступной в вашем установочном пакете.