Без реального примера кода трудно понять, в чем проблема на самом деле.
Однако вы можете перепроверить список известных проблем с CSS3Pie; есть несколько. Подавляющее большинство странных глюков с CSS3Pie, оказывается, связано с position
и z-index
, поэтому это первое, что нужно проверить.
Кроме того, если вы действительно не можете решить эту проблему, спросите на форуме CSS3Pie - автор очень хорошо отвечает на вопросы. (плюс уже есть куча других сообщений от людей, задающих аналогичные вопросы, так что вы можете обнаружить, что кто-то уже задавал то же самое)