Почему CLASS_GENERATION?Вы просто анализируете код?Тем не менее, я не слышал, чтобы кто-нибудь использовал эту фазу для преобразования.
Общее правило - использовать фазу CONVERSION для преобразований, которые не нуждаются в большой семантической (например, типовой) информации, и фазу CANONICALIZATION для остальных..
AST-браузер GroovyConsole (открывается с помощью CTRL + T) - это удобный инструмент, позволяющий получить представление о том, как выглядит AST после каждой фазы.Может быть, это поможет вам найти проблему.