Я бы порекомендовал BizTalk over Jitterbit, если ваша команда чувствует себя как дома со всем стеком ms, и я бы порекомендовал 2009 на 2006 год в основном из-за обновленной поддержки платформы (VS 2008, .NET 3.5, MS SQL 2008, MSBuild) .
BizTalk - это то, что вам нужно, если вам нужны дополнительные инструменты управления и мониторинга. Если вы просто хотите создать низкоуровневую платформу EAI, BizTalk может быть слишком дорогим, и вы лучше справитесь с решением для WCF + WF, основанным на домашнем пиве.
Признаюсь, что я предвзят, потому что я был связан с BizTalk 2002 до сих пор и, по общему признанию, поражен возможностями BizTalk 2009.