Я не знаю, как вы можете сделать это с помощью Total Commander, но я знаю, что вы можете сделать это с помощью Filezilla. Вы идете, чтобы просмотреть-> фильтры имени файла (или ctrl-i) и выбрать каталоги CVS и SVN под локальными фильтрами. Теперь вы можете загружать файлы на сервер, не загружая файлы CVS или SVN:)