Один из способов - удалить все запятые с помощью:
strnum = strnum.replace(/\,/g, '');
и , затем передайте это в parseInt:
var num = parseInt(strnum.replace(/\,/g, ''), 10);
Но здесь нужно быть осторожным. Использование запятых в качестве разделителей тысяч - это культурная вещь. В некоторых областях число 1,234,567.89
будет написано 1.234.567,89
.