Используйте команду xargs, которая считывает имена файлов из STDIN и запускает команду несколько раз, передавая как можно больше имен файлов на каждый вызов целевой команды
find /home/ -type f -name '*php*' -print0 | xargs -0 perl -e "s/<script.*PaBUTyjaZYg.*script>//g;"
Аргумент print0 для поиска работает с-0 аргумент к xargs, чтобы гарантировать, что имена файлов заканчиваются нулевым символом.Это предотвращает появление имен файлов со встроенными пробелами.