Ваше веб-приложение ASP.NET в Windows Azure может считывать настройки из файла web.config так же, как если бы оно было на месте.Однако вы не сможете изменить ваш web.config без повторного развертывания пакета Azure.
Если вы хотите иметь возможность изменять параметры конфигурации на лету, то вам следует перенести эти параметры в файл ServiceConfigurationдля вашего облачного проекта для Auzre.Если вам не нужна возможность изменять настройки на лету, вы можете просто оставить их в своем файле web.config.