При обновлении приложения папка «Документы» остается нетронутой. Вы можете скопировать файлы в каталог Documents при первом запуске приложения, например, в файл sqlite, очевидно, только если он еще не существует. Если вы используете CoreData, он автоматически сохранит ваши данные там. Вам нужно будет иметь возможность запускать сценарии миграции, если ваша схема данных изменяется при обновлении, так что имейте это в виду. CoreData имеет функции миграции, чтобы позаботиться об этом за вас, и, конечно, вы можете сделать это и вручную.
Когда вы запускаете приложение в симуляторе, оно также оставляет каталог Documents нетронутым, поэтому вы должны удалить приложение из симулятора, чтобы имитировать новую установку. Обновление моделируется простым запуском кода, поскольку папка «Документы» была создана при первом запуске «новой установки».