Они предоставляют одинаковую функциональность, и меня не удивило бы, если бы они были одинаковыми исполняемыми файлами (конечно, zcat и gunzip находятся на моем linux box).
Интересно, как вы измерили производительность? Видите ли вы различия в производительности из-за дискового кэширования или какого-либо другого внешнего воздействия?