Вы можете сделать следующее:
var grid = $("#ID_OF_YOUR_GRID");
grid.jqGrid({
//other options
multiselect: true,
onSelectRow: function (rowid, status) {
var chkSelectAll = $("#ID_OF_THE_HEADER_CHECKBOX_USUALLY_CB_DATA");
if (chkSelectAll.length && chkSelectAll.is(':checked') && !status) {
chkSelectAll.removeAttr('checked');
}
}
});
Кстати.Это нужно только в старых версиях JQGrid.Я проверил в версии 4.3.1 это работает из коробки.