К сожалению, вы можете получить SetTimer только для создания нового идентификатора, когда HWND равен нулю.
Если вам нужен уникальный таймер, вам нужно использовать SetTimer без HWND, и в этом случае сообщения таймера отправляются непосредственно в ваш таймер.
Чтобы отправить сообщения таймера в подклассовое окно, вам просто нужно выбрать идентификатор таймера, который, как вы надеетесь, уникален.